En savoir plus sur l’autophagie (bibliographie)

Le thème de l’autophagie a été récemment placé sous le feu des projecteurs par l’attribution du prix Nobel de médecine au biochimiste japonais Yoshinori Ohsumi, spécialisé dans la biologie cellulaire.

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Photo 大臣官房人事課 — 平成27年度　文化功労者：文部科学省

L’autophagie (du grec auto-phagie, se manger soi-même) constitue un processus fondamental, mais équivoque, pour la vie des cellules : mécanisme de résistance et d’autodéfense, qui permet la survie de la cellule, mais aussi d’autodestruction, qui peut entraîner sa mort. Ainsi, l’autophagie peut empêcher qu’une cellule devienne cancéreuse, mais ce mécanisme peut aussi bien en renforcer la pathologie.

Le Professeur Yoshinori Ohsumi et son équipe ont identifié la majeure partie de la quarantaine de gènes (ATG, Autophagy Related Genes) indispensables au fonctionnement de l’autophagie, qui fait l’objet actuellement d’une recherche très active (stimuler ou réduire l’autophagie en fonction de ses effets secondaires), tant pour les équipes japonaises qu’en France, par exemple, avec le CFATG (Club Francophone de l’AuTophagie).

Nous vous proposons ici une sélection de documents récents sur ce thème : ouvrages consultables à la BIU Santé ou articles de Yoshinori Ohsumi disponibles gratuitement sur internet (classement chronologique) :

  1. Autophagie : autocannibalisme ou autodéfense ? – EM|consulte [Internet]. 2016. Disponible sur: http://www.em-consulte.com/rmr/article/184750
  2. Suzuki SW, Yamamoto H, Oikawa Y, Kondo-Kakuta C, Kimura Y, Hirano H, et al. Atg13 HORMA domain recruits Atg9 vesicles during autophagosome formation. Proceedings of the National Academy of Sciences [Internet]. 17 mars 2015;112(11):3350‑5. Disponible sur: http://www.pnas.org/lookup/doi/10.1073/pnas.1421092112
  3. Sakoh-Nakatogawa M, Kirisako H, Nakatogawa H, Ohsumi Y. Localization of Atg3 to autophagy-related membranes and its enhancement by the Atg8-family interacting motif to promote expansion of the membranes. FEBS Letters [Internet]. 12 mars 2015;589(6):744‑9. Disponible sur: http://doi.wiley.com/10.1016/j.febslet.2015.02.003
  4. Morgan AH, Hammond VJ, Sakoh-Nakatogawa M, Ohsumi Y, Thomas CP, Blanchet F, et al. A novel role for 12/15-lipoxygenase in regulating autophagy. Redox Biology [Internet]. avr 2015;4:40‑7. Disponible sur: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2213231714001177
  5. Huang H, Kawamata T, Horie T, Tsugawa H, Nakayama Y, Ohsumi Y, et al. Bulk RNA degradation by nitrogen starvation-induced autophagy in yeast. The EMBO Journal [Internet]. 13 janv 2015;34(2):154‑68. Disponible sur: http://emboj.embopress.org/cgi/doi/10.15252/embj.201489083
  6. Atzmon G. Longevity genes : a blueprint for aging. New York Heidelberg Dordrecht [etc.]: Springer; 2015. (Advances in experimental medicine and biology). Consultable au pôle Médecine (cote 210602-847).
  7. Yoshimoto K, Shibata M, Kondo M, Oikawa K, Sato M, Toyooka K, et al. Organ-specific quality control of plant peroxisomes is mediated by autophagy. Journal of Cell Science [Internet]. 15 mars 2014;127(6):1161‑8. Disponible sur: http://jcs.biologists.org/cgi/doi/10.1242/jcs.139709
  8. Tanaka C, Tan L-J, Mochida K, Kirisako H, Koizumi M, Asai E, et al. Hrr25 triggers selective autophagy–related pathways by phosphorylating receptor proteins. The Journal of Cell Biology [Internet]. 13 oct 2014;207(1):91‑105. Disponible sur: http://www.jcb.org/lookup/doi/10.1083/jcb.201402128
  9. Suzuki K, Nakamura S, Morimoto M, Fujii K, Noda NN, Inagaki F, et al. Proteomic Profiling of Autophagosome Cargo in Saccharomyces cerevisiae. Seaman M, éditeur. PLoS ONE [Internet]. 13 mars 2014;9(3):e91651. Disponible sur: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0091651
  10. Ohsumi Y. Historical landmarks of autophagy research. Cell Research [Internet]. janv 2014;24(1):9‑23. Disponible sur: http://www.nature.com/doifinder/10.1038/cr.2013.169
  11. Nakatogawa H, Ohsumi Y. Autophagy: Close Contact Keeps Out the Uninvited. Current Biology [Internet]. juin 2014;24(12):R560‑2. Disponible sur: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0960982214005387
  12. Mochida K, Ohsumi Y, Nakatogawa H. Hrr25 phosphorylates the autophagic receptor Atg34 to promote vacuolar transport of α-mannosidase under nitrogen starvation conditions. FEBS Letters [Internet]. 3 nov 2014;588(21):3862‑9. Disponible sur: http://doi.wiley.com/10.1016/j.febslet.2014.09.032
  13. Suzuki K, Akioka M, Kondo-Kakuta C, Yamamoto H, Ohsumi Y. Fine mapping of autophagy-related proteins during autophagosome formation in Saccharomyces cerevisiae. Journal of Cell Science [Internet]. 1 juin 2013;126(11):2534‑44. Disponible sur: http://jcs.biologists.org/cgi/doi/10.1242/jcs.122960
  14. Shibata M, Oikawa K, Yoshimoto K, Kondo M, Mano S, Yamada K, et al. Highly Oxidized Peroxisomes Are Selectively Degraded via Autophagy in Arabidopsis. The Plant Cell [Internet]. 1 déc 2013;25(12):4967‑83. Disponible sur: http://www.plantcell.org/cgi/doi/10.1105/tpc.113.116947
  15. Araki Y, Ku W-C, Akioka M, May AI, Hayashi Y, Arisaka F, et al. Atg38 is required for autophagy-specific phosphatidylinositol 3-kinase complex integrity. The Journal of Cell Biology [Internet]. 28 oct 2013;203(2):299‑313. Disponible sur: http://www.jcb.org/lookup/doi/10.1083/jcb.201304123
  16. Yamaguchi M, Noda NN, Yamamoto H, Shima T, Kumeta H, Kobashigawa Y, et al. Structural Insights into Atg10-Mediated Formation of the Autophagy-Essential Atg12-Atg5 Conjugate. Structure [Internet]. juill 2012;20(7):1244‑54. Disponible sur: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0969212612001773
  17. Yamaguchi M, Noda NN, Yamamoto H, Shima T, Kumeta H, Kobashigawa Y, et al. Structural Insights into Atg10-Mediated Formation of the Autophagy-Essential Atg12-Atg5 Conjugate. Structure [Internet]. juill 2012;20(7):1244‑54. Disponible sur: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0969212612001773
  18. Noda NN, Fujioka Y, Hanada T, Ohsumi Y, Inagaki F. Structure of the Atg12–Atg5 conjugate reveals a platform for stimulating Atg8–PE conjugation. EMBO reports [Internet]. 14 déc 2012;14(2):206‑11. Disponible sur: http://embor.embopress.org/cgi/doi/10.1038/embor.2012.208
  19. Noda NN, Kobayashi T, Adachi W, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F. Structure of the Novel C-terminal Domain of Vacuolar Protein Sorting 30/Autophagy-related Protein 6 and Its Specific Role in Autophagy. Journal of Biological Chemistry [Internet]. 11 mai 2012;287(20):16256‑66. Disponible sur: http://www.jbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.M112.348250
  20. Nakatogawa H, Ohbayashi S, Sakoh-Nakatogawa M, Kakuta S, Suzuki SW, Kirisako H, et al. The Autophagy-related Protein Kinase Atg1 Interacts with the Ubiquitin-like Protein Atg8 via the Atg8 Family Interacting Motif to Facilitate Autophagosome Formation. Journal of Biological Chemistry [Internet]. 17 août 2012;287(34):28503‑7. Disponible sur: http://www.jbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.C112.387514
  21. Kondo-Okamoto N, Noda NN, Suzuki SW, Nakatogawa H, Takahashi I, Matsunami M, et al. Autophagy-related Protein 32 Acts as Autophagic Degron and Directly Initiates Mitophagy. Journal of Biological Chemistry [Internet]. 23 mars 2012;287(13):10631‑8. Disponible sur: http://www.jbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.M111.299917
  22. Kobayashi T, Suzuki K, Ohsumi Y. Autophagosome formation can be achieved in the absence of Atg18 by expressing engineered PAS-targeted Atg2. FEBS Letters [Internet]. 30 juill 2012;586(16):2473‑8. Disponible sur: http://doi.wiley.com/10.1016/j.febslet.2012.06.008
  23. Klionsky DJ. Autophagy in disease and clinical applications : in vitro systems. Amsterdam: Elsevier; 2012. (Methods in enzymology). Ebook disponible en local sur les postes de la BIU Santé (et à distance avec des codes ENT Paris Descartes).
  24. Kakuta S, Yamamoto H, Negishi L, Kondo-Kakuta C, Hayashi N, Ohsumi Y. Atg9 Vesicles Recruit Vesicle-tethering Proteins Trs85 and Ypt1 to the Autophagosome Formation Site. Journal of Biological Chemistry [Internet]. 28 déc 2012;287(53):44261‑9. Disponible sur: http://www.jbc.org/lookup/doi/10.1074/jbc.M112.411454
  25. Fougeray S, Thervet É, Pallet N, Tharaux P-L, Brouard S, Faure M, et al. Rôle du stress du réticulum endoplasmique et de l’autophagie dans la régulation des réponses immune et angiogénique activées par des stress ischémiques et inflammatoires dans l’épithélium rénal humain. [S.l.]: s.n.; 2012. Texte partiel de la thèse consultable gratuitement en ligne, texte intégral disponible sur les postes de la BIU Santé.
  26. Bouvier N, Thervet É, Pallet N, Hurault de Ligny B, Hauet T, Chevet E, et al. Conséquences rénales de l’activation de la réponse UPR (Unfolded protein response) par des stress toxique et ischémique. [S.l.]: s.n.; 2012. Thèse consultable gratuitement en ligne.
  27. Tuloup-Minguez V, Codogno P. Autophagie et adhérence cellulaire : régulation par la matrice extracellulaire et rôle au cours de la migration. [S.l.]: s.n.; 2011. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8383.
  28. Magnaudeix A, Yardin C, Terro F. Autophagie dans le système nerveux central et neuroprotections. [S.l.]: s.n.; 2011. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8183.
  29. Dortet L, Cossart P. Recrutement de la Major Vault Protein par InlK : une nouvelle stratégie élaborée par Listeria monocytogenes pour échapper à l’autophagie. [S.l.]: s.n.; 2011. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8943.
  30. Coux O, Baldin V, Bossis G, Tempé D, Lalmanach G. Protéasome, ubiquitine et protéines apparentées à l’ubiquitine. Paris: Éd. Tec & Doc; 2011. Consultable au pôle Médecine (cote QU 55 PRO) et au pôle Pharmacie (cote 572.64 COU).
  31. Puissant A, Auberger P. Exploration des mécanismes de résistance aux inhibiteurs de BCR-ABL dans la leucémie myéloïde chronique : cibler l’autophagie pour ouvrir la voie à de nouvelles stratégies anti-leucémiques. [S.l.]: s.n.; 2010. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 7880.
  32. Geeraert C, Poüs C. Rôle des microtubules et de la kinésine-1 dans l’autophagie de survie. [S.l.]: s.n.; 2010. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 9202.
  33. Chotechuang N, Tomé D. The role of amino acids in liver protein metabolism under a high protein diet : identification of amino acids signal and associated transduction pathways. [S.l.]: s.n.; 2010. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8007.
  34. Chaumorcel M, Servin A. Régulation des mécanismes d’autophagie par les herpesviridae : l’exemple du cytomégalovirus humain. [S.l.]: s.n.; 2010. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 9190.
  35. Ben-Sahra I, Bost F. Métabolisme et cancer : cibler le métabolisme des cellules cancéreuses par des agents inducteurs du stress métabolique. [S.l.]: s.n.; 2010. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 7738.
  36. Altmeyer A, Bischoff P. Mort cellulaire induite par des radiations ionisantes dans des tumeurs humaines radiorésistantes : Etude, in vitro et in vivo, des mécanismes impliqués dans son induction par différents types de rayonnements et modulation pharmacologique. [S.l.]: s.n.; 2010. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 9052.
  37. Piron B, Pouget J-P. Etude in vitro des mécanismes d’action impliqués dans la réponse cellulaire à une radioimmunothérapie à l’iode 125. [S.l.]: s.n.; 2009. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8446.
  38. Pallet N, Thervet É. Rôle du stress du reticulum endoplasmique dans la néphrotoxicité de la ciclosporine. [S.l.]: s.n.; 2009. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote TPHA 11510.
  39. Levine B, Yoshimori T, Deretic V. Autophagy in infection and immunity. Berlin London: Springer; 2009. (Current topics in microbiology and immunology). Consultable au pôle Médecine (cote 111357-335).
  40. Hatchi E, Sardet C, Le Cam L. Détermination des fonctions in vivo d’E4F1 au cours de la tumorigenèse : E4F1 un facteur essentiel à la survie des cellules transformées. [Montpellier]: Université de Montpellier 2 Sciences et Techniques du Languedoc; 2009. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 7966.
  41. Dupont N, Lafont F. Voies de signalisation cellulaire impliquées dans les étapes précoces de l’infection par Shigella flexneri dans les cellules épithéliales : rôle des débris membranaires de la vacuole de Shigella flexneri dans la signalisation de la cellule eucaryote. [S.l.]: s.n.; 2009. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8151.
  42. Chargui A, Poujeol P, El May MV. Adaptations de la cellule rénale en réponse au Cadmium : rôles du CFTR, de la polyubiquitination sur la Lysine 63 et de l’autophagie études in vivo et in vitro applications en santé publique. [S.l.]: s.n.; 2009. Thèse consultable au pôle Pharmacie, cote MFTH 8305.

Emmanuelle Prévost

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