Savez-vous ce qu’est l’Evidence-Based Medicine(EBM) ou médecine fondée sur les faits ? Et parmi les bases consacrées à l’EBM, la Cochrane library, réalisée par la Cochrane collaboration, est l’une des plus riches et des plus utilisées.
Si ces sujets vous intéressent, il reste des places pour notre prochaine formation gratuite, le lundi 20 novembre, de 17h à 19h30.
Catherine, duchesse de Cambridge / cc Ricky Wilson
Avec la nouvelle grossesse de la duchesse de Cambridge, c’est LA nouvelle qui n’a pas pu vous échapper cet été : Zotero 5, la nouvelle version de Zotero est sortie !
Zotero, logiciel de gestion de références bibliographiques
Rappelons à ceux qui ne le connaissent pas encore que Zotero est un logiciel libre et gratuit qui vous permet de collecter des références depuis des catalogues et des bases de données et de créer en quelques clics des bibliographies formatées dans les règles de l’art. Zotero est ainsi l’outil indispensable à toute personne s’engageant dans la rédaction d’un mémoire, d’une thèse ou d’un article. Il se murmure même que certains le détournent de son utilisation académique pour gérer leurs recettes de cuisine ou leur dévédéthèque (mais chut ! nous tairons les noms).
Zotero 5 : les principales nouveautés
La principale nouveauté de la version 5 est l’abandon de la version « Zotero for Firefox », qui intégrait le logiciel dans le navigateur lui-même. Ainsi, tous les utilisateurs de Zotero, qu’ils travaillent avec Firefox, Chrome, Safari ou Opera, utilisent désormais Zotero dans une fenêtre distincte de celle du navigateur (« Zotero standalone » dans les précédentes versions).
Conseil : afin de naviguer aisément entre les deux fenêtres, celle du navigateur et celle de Zotero, pensez à épingler ce dernier dans la barre des tâches. Vous verrez que votre travail en sera grandement facilité !
Deux autres nouveautés de Zotero 5 méritent d’être signalées :
L’intégration dans Zotero d’un gestionnaire de flux RSS, qui ajoute au logiciel une précieuse fonction de veille à celles de collecte des références et de création de bibliographie.
L’apparition d’un dossier « Mes publications », qui permet de valoriser vos travaux sur votre profil zotero.org.
Zotero 5 à la BIU Santé
À la BIU Santé, l’ensemble des postes publics des salles de lecture, au pôle Médecine comme au pôle Pharmacie, sont désormais équipés de la version 5 de Zotero.
Il en est de même pour les postes des deux salles de formation. Dès les prochaines formations, prévues le 19 septembre, les bibliothécaires initieront les usagers à la nouvelle version de Zotero.
Nouvelle version, nouveau support
Les bibliothécaires de la BIU Santé ont travaillé d’arrache-pied tout l’été pour que le support de formation prenne en compte les nouvelles fonctionnalités de la version 5 de Zotero. Le fruit de leurs efforts est d’ores et déjà disponible sur le site de la BIU Santé.
Le support à jour intègre la nouvelle façon d’installer Zotero, ainsi que deux nouveaux chapitres dédiés à la gestion des flux RSS et au dossier « Mes publications« . Dans la mesure où le changement de version a suscité des modifications importantes, n’hésitez pas à nous faire part de vos remarques pour aider à l’améliorer en nous écrivant à formation@biusante.parisdescartes.fr.
Vous voulez en savoir plus ? Vous pouvez d’ores et déjà vous inscrire àune de nos formations gratuites. Des dates sont disponibles jusqu’à la fin de l’année 2017. Quant aux vidéos de la chaîne DocToBib, elles seront progressivement mises à jour.
Voilà un an que la BIU Santé est liée par convention à l’association Wikimédia France, dans le cadre d’un projet de versement d’images sur Wikimedia Commons.
C’est aussi dans le cadre de ce partenariat qu’a été organisé en mai 2017 un premier atelier Wikipédia, à destination des étudiant(e)s sages-femmes.
Depuis 2009, les bibliothécaires de la BIU Santé et des BU Paris Descartes interviennent en effet dans les formations de ces étudiant(e)s, en 2e et en 3e année. Il est question dans ces cours de recherche documentaire, d’EBM, de Zotero… et aussi de validation de l’information trouvée sur Internet.
Les choses évoluent d’année en année : en 2014 beaucoup d’étudiants se laissaient encore prendre à l’article du Gorafi présenté en début de session. Ce n’est désormais plus le cas, plus de la moitié des stagiaires déclarent connaître ce site parodique.
Wikipédia est aussi présentée à l’occasion de ces formations. Car si les étudiants utilisent beaucoup l’encyclopédie en ligne (comme tout le monde), peu d’entre eux connaissent l’histoire de ce site et surtout son fonctionnement. Notamment les indices à prendre en compte pour savoir si l’article qu’on lit est de qualité.
Le même exemple est repris tous les ans jusqu’à présent, celui du co-dodo. L’article sur ce sujet polémique est depuis plusieurs années à l’état d’ébauche, avec trois bandeaux d’avertissement.
Pour remédier à cet état de fait, une UE optionnelle a pour la première fois été proposée aux futur(e)s sages-femmes. Elle a consisté en deux sessions de trois heures :
Photo D. Benoist
Le premier volet présentait le site Wikipédia dans son ensemble. Deux bénévoles de l’association, Gilles Chagnon et Manuel Fauveau, avaient fait le déplacement (merci à eux !). Ainsi qu’une sage-femme déjà en exercice à la maternité d’Orsay, Clotilde Jamet, qui a pu faire part de sa pratique du métier. Il a d’abord été question de l’histoire de l’encyclopédie en ligne, de son fonctionnement, et de sa modération. Les wikipédiens présents ont effectué une démonstration live de « patrouille » et de chasse aux trolls, sur des pages en cours de vandalisation. La validation de l’information et la qualité des articles a été au cœur de la démonstration. Seuls trois étudiants s’étaient inscrits, mais très curieux et actifs. Beaucoup de questions pertinentes ont été posées, et les échanges ont été très vivants. Parmi les trois étudiants inscrits, deux étudiants et une étudiantE, alors que les garçons sont très minoritaires dans les promos de sages-femmes.
La deuxième séance était consacrée aux travaux pratiques. Une liste d’une centaine d’articles Wikipédia avait été pré-sélectionnée, en rapport avec la maïeutique, avec les bénévoles et les enseignants. Nécessitant chacun des améliorations à différents niveaux : cela allait de simples coquilles ou formulations à corriger, à des problèmes plus complexes : absence de sources, internationalisation requise, wikification, neutralité, recyclages, etc. Entre les deux cours, les étudiants devaient choisir quelques articles et commencer à les retravailler. Tâche qui a été continuée en classe, avec notamment de nombreux ajouts de références dans plusieurs articles (et l’enlèvement de sources publicitaires cachées dans des liens externes).
Au sortir de cette UE, les étudiants connaissaient beaucoup mieux Wikipédia, et ses usages les plus courants. De quoi désinhiber pour de futures corrections en ligne – car si on croise parfois des erreurs sur l’encyclopédie, rares sont les internautes qui osent les corriger. Et dans le domaine de la maïeutique, de nombreuses améliorations peuvent encore être apportées aux pages Wikipédia. Une affaire à suivre ? Peut-être l’an prochain, avec une nouvelle promotion d’élèves sages-femmes ?
Pour finir, notons qu’une récente thèse d’exercice en médecine a démontré la relative fiabilité de Wikipédia en matière médicale (mais sur un panel d’articles très limité, 5 seulement, parmi les plus consultés néanmoins).
Wikipedia serait une source fiable pour l'information médicale: 82% de concordance avec les sources https://t.co/TiB7CycNMm
Pour mémoire, DocToBib est une chaîne gratuite regroupant depuis 2014 plus de 50 mini vidéos (pas plus de 3 mn) abordant tous les aspects de la recherche documentaire en santé. Ces petits films sont destinés aux étudiants et professionnels de santé, de tous niveaux, qui n’ont pas le loisir de se rendre dans une bibliothèque ou un centre de documentation. Les formateurs et bibliothécaires peuvent également les utiliser comme matériel pédagogique.
L’ensemble est géré par plus d’une dizaine de bibliothèques (ou réseaux de centres de documentation) à travers la France :
Les vidéos sont regroupées en playlists sur des sujets divers, notamment un parcours pédagogique PubMed, la star des bases de données en santé. Et beaucoup de nouveaux films ont été mis en ligne ces derniers mois :
Près de 450 internautes sont abonnés à cette chaîne. L’audience est internationale. Si 70% des visiteurs sont français, on trouve aussi beaucoup de spectateurs chez les Européens francophones (Belgique, Suisse) et au Maghreb (Algérie, Maroc, Tunisie). Depuis 2014, plus de 30.000 vidéos ont été visionnées (pour plus de 60.000 minutes cumulées).
Ce projet est ouvert aux nouveaux participants, n’hésitez pas à nous rejoindre, pour mutualiser nos tutoriels vidéos. La charge de travail est modulable en fonction des forces vives disponibles dans chaque établissement.
Retrouvez DocToBib tous les mois sur le site du magazine What’s Up Doc, ainsi que sur les réseaux sociaux (Twitter et Facebook)
Il est déjà temps de se former à la version 5 de Zotero
Il est déjà temps de préparer la rentrée et de s’inscrire aux formations du second semestre. Le calendrier est d’ailleurs en ligne sur le site de la BIU Santé.
Au programme au pôle Médecine, de septembre à janvier :
Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
Une session consacrée à Embase, une base de données de référence, complémentaire de PubMed, rarement proposée par les bibliothèques, que vous pouvez interroger à la BIU Santé.
Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-Based Medicine (EBM) et maîtriser la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.
Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles. La version 5 vient de sortir, c’est le moment de le (re)découvrir !
Au programme au pôle Pharmacie :
Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMedpour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires.
Des formations à Zoteropour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…
Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.
Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.
Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.
L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courrielà l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.
À bientôt dans nos formations, et bonnes vacances à tous !
La salle des actes de la Faculté de pharmacie de Paris, vers 1904
Les inscriptions au DU d’histoire de la pharmacie proposé par l’université Paris Descartes sont ouvertes. Vous trouverez tous les détails concernant le diplôme et les modalités d’inscription ici.
Pour la deuxième année consécutive, l’université Paris Descartes propose ainsi un enseignement en histoire de la pharmacie, soit 100 heures réparties en 16 jours de décembre 2017 à juin 2018, à raison de 2 jours consécutifs par mois. Au cours de cette formation sont évoqués les thèmes principaux de la discipline, de l’histoire des apothicaires à la naissance de l’industrie pharmaceutique, en passant par le portrait de pharmaciens célèbres. Cet enseignement permet de sa familiariser avec les sources de l’histoire de la pharmacie et de découvrir des lieux emblématiques du patrimoine pharmaceutique, notamment la Salle des Actes de la faculté de pharmacie, le musée de Matière médicale François-Tillequin, sans oublier la bibliothèque de la Faculté de pharmacie.
Extrait du catalogue Ménier, 1877
Cette formation est ouverte à toute personne intéressée par l’histoire du médicament et de la pharmacie, désireuse d’effectuer des recherches dans ce domaine.
La Bibliothèque interuniversitaire de Santé et l’URFIST de Paris proposent des stages en 2017-2018 à destination des collègues en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).
« Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) »
21, 22 et 23 novembre 2017
Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 21 au 23 novembre 2017, à l’université Paris Descartes.
Cette formation s’adresse prioritairement aux professionnels de l’information et de la documentation récemment affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).
Elle a pour objectif de permettre aux nouveaux arrivants en bibliothèque de santé de maîtriser les outils et concepts indispensables pour exercer leurs fonctions : publics et cursus, contexte institutionnel, collections et services.
Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 29 septembre, mais ne tardez pas à vous manifester.
ATTENTION : Ce stage ne propose pas de formation pratique à l’utilisation de bases de données. Une session sur ce thème sera organisée sur 2 jours en mars 2018 (voir ci-dessous).
« Recherche documentaire en médecine : outils et ressources »
15 et 16 mars 2018
Une nouvelle édition de ce stage de 2 jours dédié spécifiquement à la manipulation des principales bases de données en médecine (PubMed, Cochrane Library, BDSP, LiSSa, EM-Premium…) est d’ores et déjà programmée en mars 2018.
Les modalités d’inscription seront annoncées ultérieurement.
Pour tout utilisateur de la base PubMed – et de surcroît pour tout formateur – la lecture du NLM Technical Bulletin est une source d’information incontournable pour suivre les évolutions de la base. Deux billets récemment publiés annoncent des ajouts et modifications dans l’interface de PubMed. Ce billet fait le point sur les principales nouveautés.
Archives ouvertes
Dans le dernier numéro en date, on apprend que PubMed propose désormais une icône renvoyant vers le texte intégral de l’article lorsque celui-ci est disponible dans une archive ouverte institutionnelle, c’est-à-dire un réservoir d’articles en libre accès mis en place par une université ou un organisme de recherche, pour diffuser et valoriser les travaux de ses chercheurs (notamment).
Cette icône apparaît, lors de l’affichage d’une notice, en haut et à droite (dans l’exemple ci-dessous, Deep Blue, archive de l’université du Michigan), en complément des autres icônes déjà disponibles :
le lien vers le site de l’éditeur (accès payant à moins de passer par une bibliothèque ou une institution ayant souscrit à un abonnement – Elsevier dans l’exemple ci-dessus) ;
le résolveur de lien mis en place par une institution (ici l’université Paris Descartes) pour bénéficier des abonnements souscrits par celle-ci ;
le lien vers l’article lorsque celui-ci est disponible dans PubMed Central (PMC), une archive ouverte spécialisée en sciences de la vie et génie biomédical, créée par la NLM en complément de PubMed.
L’affichage de l’icône nécessite pour l’institution d’adhérer au service LinkOut du NCBI. Pour l’heure, seules quatre universités proposent un lien vers leur dépôt institutionnel, mais on peut supposer que d’autres institutions, et pourquoi pas françaises, vont prochainement proposer elles aussi cet accès.
Conflit d’intérêts
Dans le pénultième numéro du NLM Technical Bulletin, on apprend que PubMed signalera désormais les conflits d’intérêts des auteurs lorsque ceux-ci sont mentionnés dans les articles référencés. Une évolution compréhensible mais il faut préciser que PubMed ne fera que reprendre l’information indiquée par la revue. Si elle n’y apparaît pas, elle ne figurera pas dans la notice de PubMed.
Affichage des résultats
Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed
On apprend aussi que le choix du nombre de résultats affichés par page (20 par défaut), migré il y a quelques mois en bas de l’écran, retrouve sa place tout en haut, aux côtés des menus permettant de modifier le format des références et le mode de tri des résultats.
L’utilisateur régulier de PubMed est coutumier de ces menus changements dans l’interface. Le formateur, lui, s’en agace parce qu’il doit refaire les copies d’écran de son support !
Statut des références
Mais l’information la plus importante de cette avant-dernière livraison du NLM Technical Bulletin se trouve à la fin et concerne la mention du statut des références indexées dans PubMed. Pour comprendre la portée de ce changement, un petit rappel s’impose.
Le site Web PubMed est une interface permettant d’interroger gratuitement Medline, une base de données bibliographiques spécialisée dans le domaine de la santé, produite et alimentée par la NLM (National Library of Medicine des États-Unis). D’ailleurs PubMed est l’abréviation de Public Access to Medline et c’est par abus de langage que le nom PubMed sert à désigner la base elle-même.
En réalité, PubMed ne se limite pas à l’interrogation de Medline et donne aussi accès à d’autres référencesnon incluses dans Medline, et dont les principales sont :
des références d’articles issus des 5620 revues indexées dans Medline, venant de paraître et directement versées dans PubMed par les éditeurs, à la suite d’un accord entre ceux-ci et la NLM ;
des références en cours d’indexation avec les mots-clés MeSH par les bibliothécaires de la NLM ;
des références d’articles inclus dans PubMed Central (PMC) mais qui ne sont pas issus des 5620 revues retenues par la NLM pour figurer dans Medline.
Quelle différence y a-t-il entre les références d’articles de Medline et celles listées ci-dessus ? Elle est de taille puisque les premières sont indexées avec des termes MeSH, c’est-à-dire des mots-clés décrivant le contenu de l’article. Ceux-ci sont fort utiles à l’utilisateur pour cibler précisément sa recherche et ne pas crouler sous un nombre de résultats inexploitable, étant donné le nombre de références accessibles via PubMed : 27 millions !
Les autres références ainsi listées ne sont pas indexées avec des mots-clés MeSH :
soit elles ont vocation à l’être : c’est le cas des références versées par l’éditeur et en cours d’indexation, mais il existe un délai non négligeable entre la mise en ligne de la référence et l’indexation en MeSH de l’article ;
soit elles ne le seront en aucun cas pour ce qui est des références de PMC issues de revues non indexées dans Medline.
Ceci permet d’expliquer, d’une part, la différence entre PubMed et Medline, que l’on a trop souvent tendance à confondre, et d’autre part, la complexité de la recherche dans PubMed, puisqu’une recherche consciencieusement menée à l’aide du thésaurus MeSH ne suffit pas à récupérer l’ensemble des références pertinentes sur un sujet. Ce mode de recherche écarte en effet systématiquement les références non indexées en MeSH alors qu’il s’agit généralement des plus récentes sur le sujet.
En conséquence, une recherche exhaustive dans PubMed ne peut se contenter d’une recherche menée à partir du MeSH Database, fût-elle préparée avec les termes les plus adéquats. Elle doit nécessairement être complétée par une recherche en langage libre («à la Google») pour ne pas écarter des résultats récents et pertinents. L’équipe du CISMeF (du CHU de Rouen) a fait en sorte de corriger cette difficulté puisqu’une recherche lancée depuis l’outil terminologique HeTOP ou à partir du Constructeur de Requêtes Bibliographiques Médicales dans PubMed associera au terme MeSH l’ensemble des synonymes de celui-ci.
Mais revenons à l’information délivrée par le NLM Technical Bulletin :
Le statut des références évoqué ci-dessus était jusqu’il y a peu indiqué au-dessous de chaque notice. On retrouvait donc les mentions [PubMed – as supplied by publisher], [PubMed-in process] et [PubMed-indexed for Meline] pour désigner respectivement : les références versées par l’éditeur, celles en cours d’indexation et celles indexées avec des mots-clés MeSH (et faisant donc partie de Medline).
Désormais, seul le statut [indexed for Medline] est mentionné. Les autres statuts ne sont pas indiqués, à moins d’afficher la notice au format MEDLINE afin de visualiser le champ « STAT ».
Lors de l’affichage d’une notice, utiliser le menu déroulant « Format » pour afficher le format MEDLINEIndication du statut Publisher (affichage MEDLINE)
On peut comprendre le choix de la NLM qui vise à simplifier l’affichagede PubMed et rendre plus simple son utilisation par une nouvelle génération d’usagers habitués aux interfaces Google like. On peut regretter pour des raisons de clarté – et plus encore de pédagogie – que cette information essentielle ne soit plus accessible dès l’affichage public des références.
Mais qui sait, la NLM reviendra peut-être sur ce choix et nous réserve sans doute encore quelques modifications à venir !
Vous souhaitez vous initier à l’Evidence-Based Medicine (EBM) et maîtriser la base Cochrane, optimiser vos recherches sur PubMedet tout savoir du MeSH? Bonne nouvelle : quelques places sont encore disponibles pour les prochaines séances de formation de la BIU Santé.
La séance consacrée à la Cochrane Library et l’EBM aura lieu mardi28 février, de 17 à 19h30, celle consacrée à PubMed (niveau 1) le samedi 11 mars, de 14h à 16h30.
Savoir chercher un médicament dans PubMed, ça s’apprend !
Au programme au pôle Médecine, de janvier à juillet :
Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
Une session consacrée à Embase, une base de données de référence, complémentaire de PubMed, rarement proposée par les bibliothèques, que vous pouvez interroger à la BIU Santé.
Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-based Medicine (EBM) et maîtriser la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.
Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles.
Au programme au pôle Pharmacie :
Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMedpour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires.
Des sessions consacrées à Embase, base de référence spécialisée en pharmacologie et en toxicologie, complémentaire de la base de données PuBMed (3000 revues indexées supplémentaires).
Des formations à Zoteropour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…
Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.
Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.
Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.
L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courrielà l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.
De nouvelles formations seront annoncées au cours de l’année sur ce blog : restez connectés et suivez-nous sur les réseaux sociaux pour être tenus au courant.
Nous espérons vous retrouver nombreux dans nos formations !
Savez-vous ce qu’est l’Evidence-Based Medicine (EBM) ou médecine fondée sur les faits ? Et parmi les bases consacrées à l’EBM, la Cochrane library, réalisée par la Cochrane collaboration, est l’une des plus riches et des plus utilisées.
Les choses évoluent d’année en année : en 2014 beaucoup d’étudiants se laissaient encore prendre à 
Pour remédier à cet état de fait, une UE optionnelle a pour la première fois été proposée aux futur(e)s sages-femmes. Elle a consisté en deux sessions de trois heures :
Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 21 au 23 novembre 2017, à l’université Paris Descartes.
Vous souhaitez vous initier à l’Evidence-Based Medicine (EBM) et maîtriser la base Cochrane, optimiser vos recherches sur PubMed et tout savoir du MeSH ? Bonne nouvelle : quelques places sont encore disponibles pour les prochaines séances de formation de la BIU Santé.
