Aidons CISMeF, LiSSa et HeTOP

À la BIU Santé, nous utilisons quotidiennement les outils mis en place par le CHU de Rouen et les présentons en formation. Ils constituent un point d’accès indispensable aux ressources francophones en santé qui ne sont pas signalées dans les bases de données anglo-saxonnes. Ils permettent également de préparer une recherche en anglais à partir d’un sujet de recherche énoncé en français.

D’utilité publique, les bases CISMeF, LiSSa et HeTOP voient aujourd’hui leur pérennité remise en cause. Nous reproduisons ci-dessous le texte publié par le docteur Stéfan Darmoni, directeur scientifique du projet :

«Pour assurer un financement complémentaire des outils du Département d’Informatique et d’Information Médicales (D2IM), nous devons diversifier nos flux de financement et faire appel à la générosité de nos utilisateurs.

Nous sommes déterminés à conserver un accès en libre service à nos outils (CISMeFLiSSaHeTOP). Malheureusement, il n’est pas gratuit de les produire, tant en termes de contenant (les ingénieurs) que de contenu (les documentalistes), sans oublier le matériel informatique.

Pour nous soutenir, vous pouvez faire un don à la Fondation Charles Nicolle –  Normandie, reconnue d’utilité publique, qui nous permettra d’améliorer l’infrastructure matérielle pour continuer à vous proposer une information de qualité, la moins biaisée possible.»

Merci d’avance de votre générosité.

Pour soutenir CISMeF, LiSSa, HeTOP, cliquez ici.

Cette incertitude vient s’ajouter à la liste des outils gratuits qui disparaissent les uns après les autres faute de financement :

2011- fermeture de la base de données CTNERHI (handicap)

2013- fermeture de la base de données FNG (gérontologie)

2018- fermeture de Nosobase (infections nosocomiales)

2019- fermeture de la base documentaire BDSP (Santé Publique)

Cette situation est paradoxale à l’heure où les chercheurs sont incités à publier toujours plus : la recherche scientifique ne peut se passer de ressources ni de collections.

Fermeture de la BDSP

Peut-être certains d’entre vous ont-ils vu passer l’information sur les réseaux sociaux relative à l’annonce de la fermeture de la Banque de données en santé publique (BDSP).

En effet, depuis 2015, la situation est devenue complexe pour l’École des hautes études en santé publique à laquelle la BDSP est rattachée.

D’importants besoins de financement ont émergé, notamment pour faire face à l’obsolescence du portail de la BDSP. Un projet de refonte du site et des services de la BDSP a alors vu le jour sous le nom de BDSP+.

Au cours des deux dernières années, l’EHESP et la BDSP ont multiplié démarches et montage de dossiers pour obtenir les investissements nécessaires à la poursuite de l’activité de la Banque de données. Sans succès, malheureusement, malgré l’intérêt et l’utilité de la BDSP.

À ce titre, lire la «prise de position d’un collectif de 130 organisations sur le devenir de la Banque de données en santé publique (BDSP)».

Qu’est-ce que la BDSP ?

La BIU Santé s’est associée à cette mobilisation, la BDSP constituant un outil essentiel pour beaucoup de ses lecteurs étudiants et professionnels de santé.

Depuis 2004, elle contribuait d’ailleurs à l’alimentation de cette base par le signalement des thèses de médecine et de chirurgie dentaire de santé publique (11500 thèses au 30 novembre 2018).

La BDSP est une ressource utile à plusieurs titres :

  • Elle indexe beaucoup de documents en français, pratique pour ceux qui ne sont pas à l’aise avec l’anglais
  • Ses ressources en santé publique présentent de l’intérêt pour les médecins généralistes, les sages-femmes, les soins infirmiers…
  • Les sujets qu’elle recouvre ne sont pas uniquement cliniques (comme PubMed) : relation soignant-soigné, réticence vis-à-vis de la vaccination…

Les contributeurs de la BDSP sont essentiellement des documentalistes dans des organismes qui ne participent pas au réseau Sudoc. Ces organismes publics (ou assimilés)  produisent beaucoup de littérature grise qui est signalée à la BDSP. Demain, ces infos ne seront plus centralisées.

Une fermeture en juillet 2019

Sur son site, la BDSP annonce la fermeture du portail le 1er juillet prochain et indique que «pendant une période de transition de six mois, du 1er janvier au 30 juin 2019, le site et ses services resteront accessibles mais ne seront plus alimentés, ni mis à jour.

Plus précisément, concernant le service ‘Offres d’emploi’, les dernières annonces seront publiées le 20 décembre 2018 (saisie jusqu’au 18 décembre à 18h).

Concernant le service ‘Annonces de colloques’, les dernières annonces ont été publiées le 30 novembre 2018.»

La BDSP s’engage à «[informer] régulièrement [ses utilisateurs] sur le devenir des services (archivage ouvert, reprise, arrêt) et [proposera] des réorientations vers des services similaires »

Si votre organisation souhaite manifester son soutien à la BDSP, elle peut rejoindre la liste des organisations signataires en envoyant un mail à flore.lecomte@sfsp.fr.

En savoir plus

Accéder au texte de soutien

La liste des signataires

Calendrier des formations premier semestre 2019

Pour 2019, prenez de bonnes résolutions et suivez les formations (gratuites !) de la BIU Santé. Le calendrier des séances du premier semestre 2019 est en ligne sur le site la bibliothèque. Il est déjà temps de s’inscrire !

Au programme au pôle Médecine, de janvier à juillet :

  • Des séances PubMed pour maîtriser la recherche sur Medline, la base de données de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture (ou à distance si vous avez des codes ENT Paris Descartes)
  • Une séance pour faire le point sur la notion d’Evidence-Based Medicine (EBM) et savoir interroger la Cochrane Library
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…
PubMed ou Zotero en un clin d’œil, c’est possible !

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et joyeuses fêtes à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Calendrier des formations second semestre 2018

Il est déjà temps de s’inscrire aux formations de la BIU Santé : le calendrier des séances du second semestre 2018 vient d’être en ligne sur le site la bibliothèque.

Au programme au pôle Médecine :

  • Des séances PubMed pour maîtriser la recherche sur Medline, la base de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires

  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude. Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations et bonnes vacances à tous !

Le service formation de la BIU Santé

DocToBib à Caen, et la nouvelle bibliothèque Madeleine-Brès

En décembre 2017 se sont tenus à Caen les 4e États généraux de la formation et de la recherche médicales.

Cette manifestation a lieu tous les deux ans. Elle est organisée par les conférences des doyens de médecine, de pharmacie et d’odontologie, la coordination nationale des collèges d’enseignants en médecine (CNCEM), et cette fois-ci par  l’UFR Santé de l’université Caen Normandie.

Pendant deux jours, tous les acteurs de la formation et de la recherche en santé (professionnels de santé, enseignants, chercheurs, étudiants…) étaient réunis pour des conférences, ateliers et tables rondes.

Les équipes de la BIU Santé ont eu l’occasion d’y participer pour présenter sur un stand le projet DocToBib. Pour mémoire, il s’agit d’une chaîne gratuite sur YouTube où sont regroupés de courts tutoriels vidéos sur la recherche documentaire en santé. À destination des étudiants et des professionnels, ils permettent de s’autoformer aux grands outils classiques que sont PubMed, Zotero, LiSSa, BDSP, Kinédoc, SantéPsy, etc. Ces vidéos sont produites de manière collaborative par des bibliothèques universitaires et de centres de documentation répartis sur toute la France.

L’occasion également de découvrir la nouvelle bibliothèque de santé de l’université Caen Normandie. Ce superbe bâtiment a ouvert ses portes en 2014 au cœur du pôle de formation et de recherche en santé (PFRS). La BU Santé est également présente sur Twitter, avec un fil d’actualités très utile pour la veille en santé.

Elle a justement été baptisée le 12 décembre 2017 du nom de Madeleine Brès (1842-1921). Cette pionnière, bien connue à la BIU Santé, a été la première femme française à obtenir le diplôme de docteur en médecine (en 1875).

Merci à la BU Santé et à l’UFR de Santé de Caen pour leur accueil !

En savoir plus

La présentation du projet DocToBib

Madeleine Brès dans les collections de la BIU Santé

La page Wikipédia sur Madeline Brès

2 Rue des Rochambelles
Caen, Normandie
14000
FR

Calendrier des formations premier semestre 2018

Pour 2018, prenez de bonnes résolutions et suivez les formations (gratuites !) de la BIU Santé. Le calendrier des séances  du premier semestre 2018 est en ligne sur le site la bibliothèque. Il est déjà temps de s’inscrire !

Au programme au pôle Médecine, de janvier à juillet :

  • Des séances PubMed 1 pour bien débuter ses recherches sur Medline, et des séances PubMed 2 pour approfondir et tout savoir (ou presque) sur la base de référence en santé
  • Une formation pour découvrir Embase, une base peu fréquente en bibliothèque mais incontournable, à interroger dans nos salles de lecture
  • Une séance pour faire le point sur la notion d’Evidence-Based Medicine (EBM) et savoir interroger la Cochrane Library
  • Et bien sûr des formations à Zotero, le logiciel qui gère vos références bibliographiques en quelques clics, et facilite la rédaction de vos thèses et mémoires

Au programme au pôle pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et joyeuses fêtes à tous !

Le service formation de la BIU Santé

DocToBib, les nouveautés 2017

La récente journée des bibliothécaires et documentalistes en santé a donné lieu à une exposition de posters. L’un d’entre eux faisait le point sur le projet DocToBib, la chaîne YouTube de tutoriels vidéo sur la recherche documentaire en santé. Les nouveautés 2017 sont en effet nombreuses.

Pour mémoire, DocToBib est une chaîne gratuite regroupant depuis 2014 plus de 50 mini vidéos (pas plus de 3 mn) abordant tous les aspects de la recherche documentaire en santé. Ces petits films sont destinés aux étudiants et professionnels de santé, de tous niveaux, qui n’ont pas le loisir de se rendre dans une bibliothèque ou un centre de documentation. Les formateurs et bibliothécaires peuvent également les utiliser comme matériel pédagogique.

L’ensemble est géré par plus d’une dizaine de bibliothèques (ou réseaux de centres de documentation) à travers la France :

Les vidéos sont regroupées en playlists sur des sujets divers, notamment un parcours pédagogique PubMed, la star des bases de données en santé. Et beaucoup de nouveaux films ont été mis en ligne ces derniers mois :

Près de 450 internautes sont abonnés à cette chaîne. L’audience est internationale. Si 70% des visiteurs sont français, on trouve aussi beaucoup de spectateurs chez les Européens francophones (Belgique, Suisse) et au Maghreb (Algérie, Maroc, Tunisie). Depuis 2014, plus de 30.000 vidéos ont été visionnées (pour plus de 60.000 minutes cumulées).

Ce projet est ouvert aux nouveaux participants, n’hésitez pas à nous rejoindre, pour mutualiser nos tutoriels vidéos. La charge de travail est modulable en fonction des forces vives disponibles dans chaque établissement.

Retrouvez DocToBib tous les mois sur le site du magazine What’s Up Doc, ainsi que sur les réseaux sociaux (Twitter et Facebook)

En savoir plus

La chaîne DocToBib sur YouTube

Article présentant le projet sur sup-numerique.gouv.fr

Calendrier des formations du second semestre 2017

Il est déjà temps de se former à la version 5 de Zotero

Il est déjà temps de préparer la rentrée et de s’inscrire aux formations du second semestre. Le calendrier est d’ailleurs en ligne sur le site de la BIU Santé.

Au programme au pôle Médecine, de septembre à janvier :

  • Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
  • Une session consacrée à Embase, une base de données de référence, complémentaire de PubMed, rarement proposée par les bibliothèques, que vous pouvez interroger à la BIU Santé.
  • Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-Based Medicine (EBM) et maîtriser la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.
  • Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles. La version 5 vient de sortir, c’est le moment de le (re)découvrir !

Au programme au pôle Pharmacie :

  • Des séances compactes mais complètes dédiées à PubMed pour vous aider à trouver les références dont vous avez besoin pour vos travaux universitaires.
  • Des formations à Zotero pour gérer efficacement vos références bibliographiques : savoir les collecter à partir de différentes sources d’information, créer votre bibliographie, pour votre thèse, un mémoire, un article…

Les formations sont gratuites. Il n’est pas nécessaire d’être inscrit à la bibliothèque pour y participer.

Au pôle Médecine, elles s’adressent à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Au pôle Pharmacie, elles s’adressent aux étudiants et aux enseignants en pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

À bientôt dans nos formations, et bonnes vacances à tous !

Le service formation de la BIU Santé

Du nouveau dans l’affichage de PubMed

Pour tout utilisateur de la base PubMed – et de surcroît pour tout formateur – la lecture du NLM Technical Bulletin est une source d’information incontournable pour suivre les évolutions de la base. Deux billets récemment publiés annoncent des ajouts et modifications dans l’interface de PubMed. Ce billet fait le point sur les principales nouveautés.

Archives ouvertes

Dans le dernier numéro en date, on apprend que PubMed propose désormais une icône renvoyant vers le texte intégral de l’article lorsque celui-ci est disponible dans une archive ouverte institutionnelle, c’est-à-dire un réservoir d’articles en libre accès mis en place par une université ou un organisme de recherche, pour diffuser et valoriser les travaux de ses chercheurs (notamment).

Cette icône apparaît, lors de l’affichage d’une notice, en haut et à droite (dans l’exemple ci-dessous, Deep Blue, archive de l’université du Michigan), en complément des autres icônes déjà disponibles :

pubmed-oa-700

  • le lien vers le site de l’éditeur (accès payant à moins de passer par une bibliothèque ou une institution ayant souscrit à un abonnement – Elsevier dans l’exemple ci-dessus) ;
  • le résolveur de lien mis en place par une institution (ici l’université Paris Descartes) pour bénéficier des abonnements souscrits par celle-ci ;
  • le lien vers l’article lorsque celui-ci est disponible dans PubMed Central (PMC), une archive ouverte spécialisée en sciences de la vie et génie biomédical, créée par la NLM en complément de PubMed.

L’affichage de l’icône nécessite pour l’institution d’adhérer au service LinkOut du NCBI. Pour l’heure, seules quatre universités proposent un lien vers leur dépôt institutionnel, mais on peut supposer que d’autres institutions, et pourquoi pas françaises, vont prochainement proposer elles aussi cet accès.

Conflit d’intérêts

Dans le pénultième numéro du NLM Technical Bulletin, on apprend que PubMed signalera désormais les conflits d’intérêts des auteurs lorsque ceux-ci sont mentionnés dans les articles référencés. Une évolution compréhensible mais il faut préciser que PubMed ne fera que reprendre l’information indiquée par la revue. Si elle n’y apparaît pas, elle ne figurera pas dans la notice de PubMed.

Affichage des résultats

Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed
Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed

On apprend aussi que le choix du nombre de résultats affichés par page (20 par défaut), migré il y a quelques mois en bas de l’écran, retrouve sa place tout en haut, aux côtés des menus permettant de modifier le format des références et le mode de tri des résultats.

L’utilisateur régulier de PubMed est coutumier de ces menus changements dans l’interface. Le formateur, lui, s’en agace parce qu’il doit refaire les copies d’écran de son support !

Statut des références

Mais l’information la plus importante de cette avant-dernière livraison du NLM Technical Bulletin se trouve à la fin et concerne la mention du statut des références indexées dans PubMed. Pour comprendre la portée de ce changement, un petit rappel s’impose.

Le site Web PubMed est une interface permettant d’interroger gratuitement Medline, une base de données bibliographiques spécialisée dans le domaine de la santé, produite et alimentée par la NLM (National Library of Medicine des États-Unis). D’ailleurs PubMed est l’abréviation de Public Access to Medline et c’est par abus de langage que le nom PubMed sert à désigner la base elle-même.

En réalité, PubMed ne se limite pas à l’interrogation de Medline et donne aussi accès à d’autres références non incluses dans Medline, et dont les principales sont :

  • des références d’articles issus des 5620 revues indexées dans Medline, venant de paraître et directement versées dans PubMed par les éditeurs, à la suite d’un accord entre ceux-ci et la NLM ;
  • des références en cours d’indexation avec les mots-clés MeSH par les bibliothécaires de la NLM ;
  • des références d’articles inclus dans PubMed Central (PMC) mais qui ne sont pas issus des 5620 revues retenues par la NLM pour figurer dans Medline.

Quelle différence y a-t-il entre les références d’articles de Medline et celles listées ci-dessus ? Elle est de taille puisque les premières sont indexées avec des termes MeSH, c’est-à-dire des mots-clés décrivant le contenu de l’article. Ceux-ci sont fort utiles à l’utilisateur pour cibler précisément sa recherche et ne pas crouler sous un nombre de résultats inexploitable, étant donné le nombre de références accessibles via PubMed : 27 millions !

Les autres références ainsi listées ne sont pas indexées avec des mots-clés MeSH :

  • soit elles ont vocation à l’être : c’est le cas des références versées par l’éditeur et en cours d’indexation, mais il existe un délai non négligeable entre la mise en ligne de la référence et l’indexation en MeSH de l’article ;
  • soit elles ne le seront en aucun cas pour ce qui est des références de PMC issues de revues non indexées dans Medline.

Ceci permet d’expliquer, d’une part, la différence entre PubMed et Medline, que l’on a trop souvent tendance à confondre, et d’autre part, la complexité de la recherche dans PubMed, puisqu’une recherche consciencieusement menée à l’aide du thésaurus MeSH ne suffit pas à récupérer l’ensemble des références pertinentes sur un sujet. Ce mode de recherche écarte en effet systématiquement les références non indexées en MeSH alors qu’il s’agit généralement des plus récentes sur le sujet.

En conséquence, une recherche exhaustive dans PubMed ne peut se contenter d’une recherche menée à partir du MeSH Database, fût-elle préparée avec les termes les plus adéquats. Elle doit nécessairement être complétée par une recherche en langage libreà la Google») pour ne pas écarter des résultats récents et pertinents. L’équipe du CISMeF (du CHU de Rouen) a fait en sorte de corriger cette difficulté puisqu’une recherche lancée depuis l’outil terminologique HeTOP ou à partir du Constructeur de Requêtes Bibliographiques Médicales dans PubMed associera au terme MeSH l’ensemble des synonymes de celui-ci.

Mais revenons à l’information délivrée par le NLM Technical Bulletin :

  • Le statut des références évoqué ci-dessus était jusqu’il y a peu indiqué au-dessous de chaque notice. On retrouvait donc les mentions [PubMed – as supplied by publisher], [PubMed-in process] et [PubMed-indexed for Meline] pour désigner respectivement : les références versées par l’éditeur, celles en cours d’indexation et celles indexées avec des mots-clés MeSH (et faisant donc partie de Medline).

publisher700

  • Désormais, seul le statut [indexed for Medline] est mentionné. Les autres statuts ne sont pas indiqués, à moins d’afficher la notice au format MEDLINE afin de visualiser le champ « STAT ».
Lors de l'affichage d'une notice, utiliser le menu déroulant "Format" pour afficher le format MEDLINE
Lors de l’affichage d’une notice, utiliser le menu déroulant « Format » pour afficher le format MEDLINE
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)

On peut comprendre le choix de la NLM qui vise à simplifier l’affichage de PubMed et rendre plus simple son utilisation par une nouvelle génération d’usagers habitués aux interfaces Google like. On peut regretter pour des raisons de clarté – et plus encore de pédagogie – que cette information essentielle ne soit plus accessible dès l’affichage public des références.

Mais qui sait, la NLM reviendra peut-être sur ce choix et nous réserve sans doute encore quelques modifications à venir !

Pour aller plus loin

Pour aller plus loin, vous pouvez :

Benjamin Macé