La bibliothèque présentée virtuellement ici est une tentative de reconstitution historique ainsi qu’un accès direct aux numérisations du fonds concerné. L’idée est de présenter, au mieux et de la manière la plus vraisemblable possible, l’état physique de la bibliothèque du Collège de pharmacie dans les années 1780.
La source principale de ce travail est le catalogue de René Tassart rédigé en 1780-1781. Les livres qui figurent ici sont les monographies imprimées qui y sont inventoriées. En effet, le projet de numérisation ne concerne pas les manuscrits et les périodiques, bien que ceux-ci fussent mêlés aux autres ouvrages à l’époque. Deux livres provenant de manière sûre du Collège de pharmacie, mais ne figurant pas dans le catalogue, ont été intégrés au projet de numérisation et apparaissent ainsi dans la reconstitution. Ce catalogue ne fournissant pas d’informations sur le rangement de la bibliothèque, le placement des livres se fonde sur l’état topographique établi à partir de 1787.
La difficulté a donc été de recouper deux sources, catalogue et état topographique, alors que la bibliothèque s’est enrichie de nombreux ouvrages et en a perdu d’autres entre leurs rédactions respectives. Ces rapprochements ont été d’autant plus délicats que l’état topographique a visiblement été rédigé sur plusieurs années, alors que la bibliothèque continuait à évoluer et à vivre. Il semble ainsi que certains ouvrages ont été inventoriés plusieurs fois, au gré de leurs déplacements d’une étagère à l'autre. A l’inverse, d’autres ouvrages, pourtant présents dans la bibliothèque en 1780-1781 et encore aujourd’hui, sont absents de l'état topographique, que ce soit du fait d’un emprunt, d’un rangement hors de la bibliothèque, ou de déplacements impromptus au sein de celle-ci.
Une autre faiblesse de ces sources pour une telle reconstitution est qu’elles ne fournissent pas d’informations précises sur les armoires de la bibliothèque. L’état topographique donne seulement des indications sur leur nombre et les noms qui leur étaient donnés (Grande armoire, Petite armoire à droite et Petite armoire à gauche), ainsi que sur les livres posés sur chaque étagère. Il est d’ailleurs possible que des étagères encore non utilisées n’aient pas été notifiées. Une estimation du métrage linéaire de chaque étagère, et donc du métrage de chaque armoire, a été réalisée, révélant que nombre des étagères étaient loin d’être remplies. A l’inverse, le métrage linaire très important de certaines d'entre elles tend à faire penser que des rangées de livres ont pu être constituées dans la profondeur des armoires, c’est-à-dire derrière une première rangée directement visible. D’autres sources ont été consultées pour déterminer l’aspect physique de ces armoires, mais elles se sont également révélées contradictoires.
En conséquence, pour fournir une représentation de la bibliothèque à la fois la plus vraisemblable, la plus complète et la plus agréable possible, des choix ont été faits.
Faute d’avoir de véritables éléments pour nous aiguiller sur leurs dimensions, les armoires présentées ne suivent d’autre impératif que la taille des livres qu’elles contiennent.
Dans la Petite armoire à droite, la longueur de l'étagère la plus basse, comparée aux autres, laisse penser qu’une rangée devait exister dans la profondeur. Elle est ici présentée de la manière la plus ergonomique possible.
Les ouvrages apparaissant à différents endroits de l’état topographique, certainement à cause de déplacements, ont été rangés là où ils s’intégraient le mieux à l’unité de chaque étagère. Un lot de livres a d’ailleurs visiblement été déplacé d’une étagère à l’autre au bas de la Grande armoire. Pour de simples raisons de confort d’affichage, ils apparaissent ici sur l’étagère dont ils augmentent le moins démesurément la taille.
Les livres présents dans le catalogue mais pas dans l’état topographique ont été placés, selon leur format et en accord avec l’équilibre global de la bibliothèque. Ils figurent sur les étagères laissées vides sachant que cette représentation ne tient pas compte des manuscrits et des périodiques. Les in-folio, in-quarto et in-octavo apparaissent ainsi sur la cinquième étagère de la Grande armoire en partant du haut (qui était en fait occupée par l’Encyclopédie), les in-12 sur la deuxième étagère de la Petite armoire à gauche en partant du haut, les in-16 et in-24 sur la première étagère de la même armoire (qui était occupée par des journaux de médecine). En considérant ces étagères, on remarque d’ailleurs aisément que beaucoup d’absents actuels y figurent. Il s’agit vraisemblablement en majorité de livres perdus entre les rédactions du catalogue et de l’état topographique.