La condamnation de Jean Fernel est en effet sans appel (Thérapeutique universelle, édition française de Paris, 1655, v. note [1], lettre 36, pages 114‑115 ; livre ii, La Méthode de remédier [Methodi medendi], La Saignée [De venæ Sectione] ; chap xiii, En quel temps de la maladie, en quel jour, et à quelle heure il faut saigner [Quo morbi tempore, qua die quaque hora sanguis emittendus]) :

« Il est vrai qu’Avicenne a été d’avis qu’on oubliât tout à fait la saignée dans les commencements des maladies et qu’on attendît la concoction, lorsque la maladie aurait passé son commencement et son état, et que la saignée ne profitait que sur la fin seulement : ce qu’il n’a pas seulement entendu touchant les affections des parties, desquelles il avait auparavant fait le démembrement, puisque incontinent après il conseille le même touchant toute sorte de fièvres, et surtout celle qui vient du sang, dans laquelle il ordonne d’en tirer copieusement lorsque la concoction sera faite. Or d’autant que ces choses semblent être contraires au dernier point, il faut examiner par quelles raisons il prétend les persuader, afin que la question étant parfaitement bien débattue, la vérité se rende plus claire et plus manifeste. Il dit donc que la saignée étant faite dans le commencement, exténue les humeurs nuisibles, les pousse çà et là par tout le corps et les mêle avec le sang qui est pur et sincère ; que nous sommes quelquefois tellement frustrés de notre attente qu’avec les bonnes humeurs, il n’en sort rien des mauvaises ; et que tout réussit suivant nos désirs si nous attendons la concoction pour tirer du sang, lorsque la maladie a déjà passé son commencement et son état. Mais certes, il ne faut pas souscrire à son opinion puisqu’elle est si peu raisonnable, ni écouter non plus ses interprètes, dont les discours sont tous les jours réfutés par l’expérience et par les événements. Car saurait-on forger une plus absurde et ridicule opinion que la saignée exténue les humeurs ? puisqu’il est très clair et constant, par les démonstrations de ce que nous avons allégué ci-dessus, que les humeurs sont retenues et conservées dans le corps après la saignée avec la même proportion qu’auparavant ; que s’il y arrive quelque changement, il y a plus d’apparence que la saignée doive plutôt grossir le sang et les humeurs puisque l’humeur déliée coule plus aisément et plus vite, et la grossière moins aisément et plus lentement. De plus, pourquoi la saignée agitera-t-elle les humeurs ? Si elle ôte l’abondance qui avait causé le désordre et la maladie, elle doit rendre toutes choses plus douces et plus tranquilles. Et si la matière peccante est mêlée avec le sang dans les veines, pourquoi ne sortira-t-elle pas dehors ensemble par la saignée ? »