Mort en 1609, Joseph Scaliger a été enterré dans la Vrouwekerk [église Notre-Dame], temple wallon où il avait coutume de venir suivre le culte. On y fit édifier un monument à sa mémoire avec cette inscription :

Deo opt. max. sacrum et æternæ memoriæ Josephi Iusti Scaligeri Iul. Cæs. a Burden f. principum Venronensium nepotis viri qui invicto animo una cum parente heroe maximo contra fortunam adsurgens ac ius suum sibi persequens imperium maioribus ereptum ingenio excelso labore indefesso eruditione inusitata in litteraria rep. quasi fataliter recuperavit sed præsertim eiusdem modestiæ quod sibi fieri vetuit iidem qui in urbem hanc vocarunt curatores academiæ ac urb. coss. hoc in loco monumentum P.E.L.C. Ipse sibi æternum in animis hominum reliquit.

[Dédié au Dieu suprême, le tout-puissant, et à la mémoire éternelle de Joseph-Juste Scaliger, fils de Jules-César de Burden, descendant des princes de Vérone. Avec son père, ce héros très grand, il s’est élevé, d’un esprit invincible, contre le destin et a revendiqué son droit. Ainsi, par son génie supérieur, par ses efforts inlassables et par son érudition exceptionnelle, il a regagné dans la république des lettres, comme si le destin l’avait voulu, la domination qui avait été arrachée à ses ancêtres. Mais ce monument a été dédié surtout à sa modestie. Les curateurs de l’Université et les bourgmestres de la cité qui l’ont appelé dans cette ville, ont également voulu faire ériger ici le monument que lui-même avait défendu d’élever pour lui. Lui-même a laissé son souvenir éternel dans les esprits des hommes].

La Vrouwekerk a été démolie en 1819, mais le monument a été transporté dans une autre église de la ville, la Pieterskerk (H.J. de Jonge, Daniel Heinsius, auteur de l’inscription sur l’épitaphe de Joseph Scaliger [Humanistica Lovaniensia, Leuven University Press, 1978, volume xxvii, pages 231‑237]).