Atome avait essentiellement le sens, philosophique plutôt que physique, de particule de matière indivisible (atomos en grec). À la définition de Furetière, « petit corpuscule de toutes sortes de figures, qui entre dans la composition de tous les autres corps », le Dictionnaire de Trévoux a ajouté :

« Les atomes sont la matière première et préexistante, et incorruptible, de laquelle toutes choses sont engendrées, et dans laquelle toutes choses se résolvent en dernier lieu. Les atomes ne sont pas censés indivisibles seulement parce que, étant dénués de toute grandeur, ils n’ont point de parties, mais ils sont indivisibles parce qu’ils sont si solides, si durs et si impénétrables qu’ils ne donnent point lieu à la division, et qu’il n’y a aucun vide qui donne entrée à une force étrangère pour les séparer et pour en désunir les parties. Comme les atomes sont la matière première, il faut bien qu’ils soient indissolubles afin qu’elle soit incorruptible. »

Julien Bineteau décrivait ici la chimie pour ce qu’elle était alors (et demeure en partie), à savoir l’art de dissocier (puis de rassembler différemment), à l’aide de diverses techniques, les composants élémentaires des corps métalliques et minéraux.