Prenant la variole en exemple, Guy Patin niait ici le rôle de la contagion (à tort) et des influences astrales (non sans raison) dans le développement des maladies, privilégiant leur caractère inné et donc inévitable.
Dans sa Pathologie (v. supra note [7]), que Patin tenait pour l’un des plus grands livres de médecine, Jean Fernel a pourtant fait preuve de plus gand discernement, bien qu’il fondât son raisonnement sur des arguments très proches (pages 35‑38) :
« Le corps humain est quelquefois incommodé de soi-même, et par des principes intérieurs ; quelquefois il est intéressé par l’injure des choses qui sont hors de lui : de là procèdent les deux premiers et suprêmes genres des causes efficientes, dont les unes nous sont internes, et comme nées avec nous, lesquelles nous accompagnent dès le moment de la naissance ; les autres sont accidentelles et étrangères, qui nous attaquent par dehors après que nous sommes nés. Les internes sont ou naturelles, ou non naturelles ; {a} et tant les unes que les autres prennent leur origine ou de la semence, ou du sang de la mère. Les naturelles nous altèrent et changent peu à peu par le cours des temps et des âges, et nous mènent insensiblement à la vieillesse et à la mort. De ce genre sont et la contrariété des éléments dont notre corps est composé, et la vertu active de notre chaleur naturelle, par laquelle, bien que nous soyons sustentés et maintenus tant que nous vivons, nous ne laissons pourtant pas d’être semblablement altérés et minés avec le temps, les uns plus tôt, les autres plus tard, selon que le cours de la vie d’un chacun a été prescrit et limité, qu’encore à peine pouvons-nous accomplir suivant les lois de la nature. […] Maintenant quant aux causes étrangères et accidentelles, lorsqu’elles nous assaillent par le dehors après la naissance, elles en excitent souvent d’autres au dedans de nous. Par conséquent de toutes ces causes-là, les unes sont externes et les autres internes. Les internes sont subdivisées en antécédentes et en contenantes, ou prochaines. De façon qu’il y a en tout trois sortes de causes étrangères qui nous font devenir malades, savoir est, Externe ou évidente, Antécédente et Contenante. L’évidente est celle qui fait extérieurement de la violence au corps ou aux choses qu’il contient. La contenante est celle qui, résidente au corps, adhère et est immédiatement conjointe au mal. C’est pourquoi l’épée n’est pas la cause contenante de la plaie qu’elle fait, d’autant qu’elle ne réside pas dans le corps, bien qu’elle en soit fort proche et le touche de près. La cause antécédente est celle, laquelle étant dans le corps avant la contenante, produit et meut cette même contenante. De toutes ces causes, les évidentes sont premières et très nécessaires, et d’icelles proviennent toutes les autres. Ce sont elles que le vulgaire considère particulièrement, et qui seules onté été remarquées des plus anciens médecins, lesquels, comme dit Celse, retranchaient de leur art tout ce qui était obscur. »
Sans doute découragé, tout comme nous, par les arcanes du raisonnement que Fernel tenait sur les causes extérieures, Patin se rangeait à l’opinion des anciens, en les considérant comme mineures ou triviales (à l’instar des blessures provoquées par un coup d’épée). On en était alors aux balbutiements de la contagion, entrevue par Fracastor pour la syphilis (v. note [2], lettre 6) ; mais là-dessus, la révolution microbienne du xixe s. a considérablement élargi l’étude des causes (étiologie), et donné aux causes acquises toute la place qu’elles méritent en complément des causes innées.
