Malgré ce réel savoir-faire acquis grâce à l’observation quotidienne des malades, la profession souffrit longtemps d’un discrédit de la part des médecins. On sait qu’en France, il fallut attendre 1685 et l’opération réussie de la fistule anale de Louis XIV par son premier chirurgien Charles-François Félix de Tassy, pour que la faveur royale rejaillisse sur toute la profession. Le souverain, malgré l’hostilité de la Faculté, réorganisa en effet le Collège chirurgical de Saint-Côme, lui donnant notamment l’autorisation d’enseigner. Le 12 décembre 1731, le Roi consacra cette promotion sociale en fondant l’Académie royale de Chirurgie, qui assura jusqu’en 1793, date de sa suppression par la Convention, un enseignement théorique et pratique de grande qualité, sanctionné par des soutenances de thèses, obligatoires désormais pour exercer la profession, qui, depuis 1743, s’était officiellement séparée des barbiers. Cependant, au terme de siècles de querelles, une barrière absolue restait dressée entre la Chirurgie et la Médecine, situation très préjudiciable aux progrès de l’une et l’autre discipline.