Du nouveau dans l’affichage de PubMed

Pour tout utilisateur de la base PubMed – et de surcroît pour tout formateur – la lecture du NLM Technical Bulletin est une source d’information incontournable pour suivre les évolutions de la base. Deux billets récemment publiés annoncent des ajouts et modifications dans l’interface de PubMed. Ce billet fait le point sur les principales nouveautés.

Archives ouvertes

Dans le dernier numéro en date, on apprend que PubMed propose désormais une icône renvoyant vers le texte intégral de l’article lorsque celui-ci est disponible dans une archive ouverte institutionnelle, c’est-à-dire un réservoir d’articles en libre accès mis en place par une université ou un organisme de recherche, pour diffuser et valoriser les travaux de ses chercheurs (notamment).

Cette icône apparaît, lors de l’affichage d’une notice, en haut et à droite (dans l’exemple ci-dessous, Deep Blue, archive de l’université du Michigan), en complément des autres icônes déjà disponibles :

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  • le lien vers le site de l’éditeur (accès payant à moins de passer par une bibliothèque ou une institution ayant souscrit à un abonnement – Elsevier dans l’exemple ci-dessus) ;
  • le résolveur de lien mis en place par une institution (ici l’université Paris Descartes) pour bénéficier des abonnements souscrits par celle-ci ;
  • le lien vers l’article lorsque celui-ci est disponible dans PubMed Central (PMC), une archive ouverte spécialisée en sciences de la vie et génie biomédical, créée par la NLM en complément de PubMed.

L’affichage de l’icône nécessite pour l’institution d’adhérer au service LinkOut du NCBI. Pour l’heure, seules quatre universités proposent un lien vers leur dépôt institutionnel, mais on peut supposer que d’autres institutions, et pourquoi pas françaises, vont prochainement proposer elles aussi cet accès.

Conflit d’intérêts

Dans le pénultième numéro du NLM Technical Bulletin, on apprend que PubMed signalera désormais les conflits d’intérêts des auteurs lorsque ceux-ci sont mentionnés dans les articles référencés. Une évolution compréhensible mais il faut préciser que PubMed ne fera que reprendre l’information indiquée par la revue. Si elle n’y apparaît pas, elle ne figurera pas dans la notice de PubMed.

Affichage des résultats

Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed
Affichage du nombre de résultats par page dans PubMed

On apprend aussi que le choix du nombre de résultats affichés par page (20 par défaut), migré il y a quelques mois en bas de l’écran, retrouve sa place tout en haut, aux côtés des menus permettant de modifier le format des références et le mode de tri des résultats.

L’utilisateur régulier de PubMed est coutumier de ces menus changements dans l’interface. Le formateur, lui, s’en agace parce qu’il doit refaire les copies d’écran de son support !

Statut des références

Mais l’information la plus importante de cette avant-dernière livraison du NLM Technical Bulletin se trouve à la fin et concerne la mention du statut des références indexées dans PubMed. Pour comprendre la portée de ce changement, un petit rappel s’impose.

Le site Web PubMed est une interface permettant d’interroger gratuitement Medline, une base de données bibliographiques spécialisée dans le domaine de la santé, produite et alimentée par la NLM (National Library of Medicine des États-Unis). D’ailleurs PubMed est l’abréviation de Public Access to Medline et c’est par abus de langage que le nom PubMed sert à désigner la base elle-même.

En réalité, PubMed ne se limite pas à l’interrogation de Medline et donne aussi accès à d’autres références non incluses dans Medline, et dont les principales sont :

  • des références d’articles issus des 5620 revues indexées dans Medline, venant de paraître et directement versées dans PubMed par les éditeurs, à la suite d’un accord entre ceux-ci et la NLM ;
  • des références en cours d’indexation avec les mots-clés MeSH par les bibliothécaires de la NLM ;
  • des références d’articles inclus dans PubMed Central (PMC) mais qui ne sont pas issus des 5620 revues retenues par la NLM pour figurer dans Medline.

Quelle différence y a-t-il entre les références d’articles de Medline et celles listées ci-dessus ? Elle est de taille puisque les premières sont indexées avec des termes MeSH, c’est-à-dire des mots-clés décrivant le contenu de l’article. Ceux-ci sont fort utiles à l’utilisateur pour cibler précisément sa recherche et ne pas crouler sous un nombre de résultats inexploitable, étant donné le nombre de références accessibles via PubMed : 27 millions !

Les autres références ainsi listées ne sont pas indexées avec des mots-clés MeSH :

  • soit elles ont vocation à l’être : c’est le cas des références versées par l’éditeur et en cours d’indexation, mais il existe un délai non négligeable entre la mise en ligne de la référence et l’indexation en MeSH de l’article ;
  • soit elles ne le seront en aucun cas pour ce qui est des références de PMC issues de revues non indexées dans Medline.

Ceci permet d’expliquer, d’une part, la différence entre PubMed et Medline, que l’on a trop souvent tendance à confondre, et d’autre part, la complexité de la recherche dans PubMed, puisqu’une recherche consciencieusement menée à l’aide du thésaurus MeSH ne suffit pas à récupérer l’ensemble des références pertinentes sur un sujet. Ce mode de recherche écarte en effet systématiquement les références non indexées en MeSH alors qu’il s’agit généralement des plus récentes sur le sujet.

En conséquence, une recherche exhaustive dans PubMed ne peut se contenter d’une recherche menée à partir du MeSH Database, fût-elle préparée avec les termes les plus adéquats. Elle doit nécessairement être complétée par une recherche en langage libreà la Google») pour ne pas écarter des résultats récents et pertinents. L’équipe du CISMeF (du CHU de Rouen) a fait en sorte de corriger cette difficulté puisqu’une recherche lancée depuis l’outil terminologique HeTOP ou à partir du Constructeur de Requêtes Bibliographiques Médicales dans PubMed associera au terme MeSH l’ensemble des synonymes de celui-ci.

Mais revenons à l’information délivrée par le NLM Technical Bulletin :

  • Le statut des références évoqué ci-dessus était jusqu’il y a peu indiqué au-dessous de chaque notice. On retrouvait donc les mentions [PubMed – as supplied by publisher], [PubMed-in process] et [PubMed-indexed for Meline] pour désigner respectivement : les références versées par l’éditeur, celles en cours d’indexation et celles indexées avec des mots-clés MeSH (et faisant donc partie de Medline).

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  • Désormais, seul le statut [indexed for Medline] est mentionné. Les autres statuts ne sont pas indiqués, à moins d’afficher la notice au format MEDLINE afin de visualiser le champ « STAT ».
Lors de l'affichage d'une notice, utiliser le menu déroulant "Format" pour afficher le format MEDLINE
Lors de l’affichage d’une notice, utiliser le menu déroulant « Format » pour afficher le format MEDLINE
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)
Indication du statut Publisher (affichage MEDLINE)

On peut comprendre le choix de la NLM qui vise à simplifier l’affichage de PubMed et rendre plus simple son utilisation par une nouvelle génération d’usagers habitués aux interfaces Google like. On peut regretter pour des raisons de clarté – et plus encore de pédagogie – que cette information essentielle ne soit plus accessible dès l’affichage public des références.

Mais qui sait, la NLM reviendra peut-être sur ce choix et nous réserve sans doute encore quelques modifications à venir !

Pour aller plus loin

Pour aller plus loin, vous pouvez :

Benjamin Macé

 

 

 

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