Doctorants Université de Paris – cycle de formation à la Science ouverte

Les doctorants et les chercheurs sont de plus en plus fortement incités à faire évoluer leur façon de faire de la recherche, afin de pratiquer une science dite « ouverte ».

A travers la publication en open access, l’ouverture, le partage des données de la recherche et des protocoles scientifiques, la Science ouverte se présente comme un ensemble de pratiques visant à faciliter la diffusion et la réutilisation des résultats de la recherche, afin d’augmenter sa qualité et sa transparence. L’ensemble de ces thématiques se pose au cours de chaque projet de recherche, à commencer par la thèse de doctorat.

Le cycle de formation à la Science ouverte est accessible à tous les doctorants d’Université de Paris. Le suivi du webinaire introductif est très fortement recommandé avant de s’inscrire aux autres modules. Une fois inscrit à ce webinaire, un doctorant peut choisir de suivre tous les modules ou seulement quelques-uns.

1/ Science ouverte : Webinaire introductif

La formation vise à présenter un large panorama de ce que recouvre la notion de « Science ouverte ».

S’incrire à une session (en visioconférence) :

2 et 3/ Science ouverte : publications scientifiques 

Cette formation se divise en deux modules :

Stratégies de publication

Cette formation se veut une initiation aux mécanismes de l’édition scientifique, aux stratégies de publication et de diffusion et aux critères de sélection de revues en open access.

S’inscrire à une session : Jeudi 05 novembre 2020 de 09:30 à 12:30

Appréhender et optimiser l’impact de ses publications

Avec la montée en puissance de la Science ouverte, les données accessibles s’enrichissent et se multiplient. Dans ce contexte, optimiser l’impact de ses publications est primordial pour un chercheur. Il est devenu indispensable de s’interroger sur la qualité des sources et des supports de publication, sur la visibilité, l’impact et l’accessibilité des données bibliographiques générées

S’inscrire à une session : Jeudi 05 novembre 2020 de 14:00 à 17:00

4 et 5/ Science ouverte : données de recherche

Cette formation se divise en deux modules :

Gérer ses données de la recherche : quel intérêt pour un jeune chercheur ?

Dans l’écosystème actuel de la recherche scientifique, un chercheur se distingue autant par la qualité de son travail que par la visibilité qu’il parvient à lui donner. Ces deux aspects dépendent notamment du soin accordé à la gestion et à la préservation de ses données de recherche, sur lesquelles reposent ses projets présents et futurs, ainsi que ses publications.

S’inscrire à une session : Mardi 10 novembre 2020 de 09:30 à 12:30

Concevoir un plan de gestion de données : attendus et réalisation

Après une introduction sur la gestion des données de recherche dans un contexte de Science ouverte, l’intérêt des plans de gestion de données et les attendus des financeurs, cette formation s’organise en deux parties : description des attendus d’un plan de gestion de données, puis atelier pratique de réalisation d’un plan de gestion.

S’inscrire à une session : Mardi 10 novembre 2020 de 14:00 à 17:00

6/ Conjuguer sa stratégie de présence en ligne avec les pratiques de la Science ouverte

La valorisation des activités de recherche passe entre autres par les différents outils numériques et réseaux sociaux. Cette formation a pour objectif de vous permettre d’évaluer votre présence numérique et de mettre en place des stratégies pour gérer votre identité numérique afin d’être lu, vu, trouvé, connu.

S’inscrire à une session : Jeudi 12 novembre 2020 de 09:30 à 12:30

7/ Science ouverte : atelier HAL

Le dépôt dans HAL permet de mettre en accès libre ses publications de niveau recherche pour en augmenter la visibilité et l’impact. Cette formation propose d’accompagner les doctorants dans la démarche de dépôt, et de contribuer ainsi à la visibilité de leurs travaux.

S’inscrire à une session : Jeudi 12 novembre 2020 de 14:00 à 17:00

Archives ouvertes Université de Paris

Le portail institutionnel HAL Université de Paris est désormais ouvert sur la plate-forme nationale d’archives ouvertes HAL (Hyper Articles en Ligne).

Le portail HAL Université de Paris rassemble l’ensemble de la production scientifique des unités de recherche d’Université de Paris déposée sur l’archive ouverte HAL et leur assure une visibilité internationale. Au 1er octobre 2020, ce portail signale plus de 110 000 références dont 40% en texte intégral soit plus de 40 000 documents de niveau recherche, ce qui le place parmi les portails les plus dynamiques au niveau national.

Déployé et maintenu par les services de la future Direction générale déléguée des Bibliothèques et Musées sous l’impulsion de la Vice-présidente Numérique & Science ouverte et du Vice-président Recherche, ce portail s’inscrit dans le cadre de la convention signée avec le Centre pour la communication scientifique directe (CCSD).

La création du portail HAL Université de Paris s’inscrit dans une politique favorable à la Science ouverte et constitue la première réalisation d’une série d’actions à venir pour construire un écosystème favorable à la Science ouverte et un accompagnement des bibliothèques au service de la recherche.

Issu de la fusion des portails historiques HAL Descartes et HAL Diderot, le nouveau portail HAL Université de Paris reprend l’intégralité de leurs contenus et englobe la collection de l’Institut de Physique du Globe de Paris.

L’ouverture de ce portail permet aux chercheurs de continuer à déposer leurs publications pour les rendre disponibles en libre accès, pour tous, sur le long terme et dans le respect des droits des auteurs et des éditeurs, sans modifier leurs pratiques de dépôt. Bien que les dépôts puissent s’effectuer depuis n’importe quel portail HAL, le dépôt sur le portail HAL Université de Paris, en facilitant le suivi des bibliothécaires, permettra de bénéficier du meilleur accompagnement possible.

Pour toute question, information, atelier : hal@bu.parisdescartes.fr

Horaires habituels à partir du lundi 5 octobre

La BIU Santé – Pharmacie et la BIU Santé – Médecine retrouvent  leurs horaires habituels à partir du lundi 5 octobre 2020

  • Site Pharmacie : du lundi au vendredi de 9h à 20h et le samedi de 9h à 18h30.
  • Site Médecine : du lundi au samedi 9h-20h

Nouveau Pubmed : ce qu’il faut savoir

Peut-être certains et certaines d’entre vous ont pu le découvrir dès septembre 2019, ou encore avant sous le nom de Pubmed Labs : depuis mai dernier, Pubmed, le principal moteur de recherche en sciences biomédicales produite par la National Library of Medicine (NLM), s’est dotée d’une nouvelle interface et a fait évoluer plusieurs de ses fonctionnalités.

Nous présenterons ici les évolutions les plus significatives de la base de données. Toute l’équipe de la BIU Santé est par ailleurs sur le pont pour produire un tutoriel complet[1].

Une nouvelle interface

L’essentiel des modifications ont concerné l’interface de navigation de Pubmed :

  • La nouvelle interface de la base de données s’adapte automatiquement sur smartphone, tablette ou ordinateur.
  • L’affichage des résultats s’est amélioré : les mots-clefs recherchés sont maintenant surlignés en gras dans les résultats.
  • Il est possible d’afficher jusque 200 résultats par page.
  • L’affichage des articles et la navigation entre ceux-ci sont facilitées : vous pouvez passer rapidement d’un article à un autre à l’aide des flèches situées à droite ou à gauche (ou avec les flèches Prev et Next situées en bas de l’écran sur smartphone), et l’onglet « Articles similaires » est plus facile d’accès.
  • Il vous est également plus facile de naviguer au sein de la présentation d’un article via le menu de la colonne de droite.
  • L’accès au texte intégral des articles qui vous sont accessibles vous est proposé en haut à droite des notices des articles, via l’option « Full text link ».
  • La majorité des options et en particulier des filtres disponibles sont toujours accessibles dans le menu à gauche de l’écran. Une nouvelle option vous permet d’afficher et d’exporter le nombre de résultats publiés par année pour votre recherche.

    Ventilation des résultats par année pour une recherche sur « Down syndrome »

Cette nouvelle interface offre également de nouvelles options de citations d’articles et d’export de références :

  • Depuis la page de recherche, vous pouvez sélectionner plusieurs résultats pour les exporter vers le clipboard où ils seront conservés pendant 8 heures (avec le bouton Send to) ou produire un fichier qui contienne ces références bibliographiques (avec le bouton Save). Attention toutefois, le format RIS n’est plus pris en charge : l’export dans un logiciel de gestion bibliographique nécessite de passer par le format Pubmed.
  • L’option Cite (accessible dès la page de recherche) vous permet de récupérer la référence bibliographique d’un article selon la norme de votre choix (AMA, APA, MLA ou NLM).

 

De nouvelles modalités de recherche

Le projet initial du nouveau Pubmed est de répliquer dans la base de données des modes de recherche auxquels ses utilisateurs et utilisatrices ont l’habitude sur d’autres sites, en particulier sur les moteurs de recherche généralistes. Cette volonté se traduit par l’adoption d’un algorithme de présentation des résultats, le « Best match », sélectionné par défaut dans l’interface du nouveau Pubmed. En lieu et place du précédent mode d’affichage des références les plus pertinentes, qui recherchait la fréquence d’utilisation d’un mot-clef dans un titre, un abstract ou un article, le Best match s’appuie sur tout un ensemble de données pour ordonner les références : année de parution de la référence, type de publication, langue, etc. Ainsi remontent en premier les résultats les plus récents ou disposant du plus haut niveau de preuve (revues systématiques et méta-analyses). L’algorithme se veut par ailleurs évolutif selon les usages des utilisateurs de Pubmed.

Le bouton « Display options » vous permet de revenir à d’autres modes d’affichage des résultats, notamment par date de publication.

Outre l’implémentation de cet algorithme, la NLM a fait évoluer le fonctionnement même de la recherche sur Pubmed avec l’Automatic Term Mapping ou ATM. Lorsque vous recherchez un terme sur Pubmed, le moteur de recherche va automatiquement raccorder ce terme au mot-clef Mesh qui lui correspond ainsi qu’à tout un ensemble de synonymes : il s’agit du mapping. Ainsi, une recherche avec « cancer » va automatiquement mener au mot-clef « neoplasms ». Dans le cadre du nouveau Pubmed, cette recherche est maintenue étendue :

  • à davantage de variations et de synonymes : « cancer » mène toujours à « neoplasms » mais aussi à « cancerization », « cancerous », « canceration », etc.
  • aux pluriels des termes recherchés : tooth comprend teeth.
  • aux équivalents anglais et américains d’un même mot : « labor pain » recherche également « labour pain ».

 

Interprétation de la recherche « cancer » sur l’ancien Pubmed (gauche) et le nouveau Pubmed (droite)

Les règles de troncature ont également évolué :

  • Il n’y a maintenant plus de limite au nombre de variations recherchées avec une troncature (contre 600 variations maximum auparavant).
  • La troncature peut être utilisée avec des guillemets pour chercher les différentes variantes d’une expression figée : ainsi, « « occupational therap* » » pour trouver « occupational therapy » et « occupational therapists », etc.
  • Attention, l’utilisation d’une troncature doit être précédée d’au moins quatre caractères pour être reconnue.

Enfin, la refonte de Pubmed a permis d’améliorer la recherche avancée. Les anciennes options sont toujours disponibles : vous pouvez composer votre recherche à partir de votre historique ou en rentrant des requêtes spécifiques.

Désormais, vous pouvez aussi corriger à la volée les équations de recherche que vous composez ou y insérer les références collectées dans le clipboard.

L’historique de la recherche avancée donne également accès aux « Search details » qui vous renseignent sur la manière dont Pubmed a interprété vos requêtes.

La nouvelle interface de recherche avancée de Pubmed

 

Pourtant, la nouvelle version de Pubmed n’est pas totalement satisfaisante

Certains aléas découlent de la mise en place d’un nouveau moteur de recherche : ainsi des surinterprétations de requête et des résultats incohérents. Par exemple, si « assistive technology » mène bien au mot-clef Mesh « self help devices », « assistive game » renvoie à « dental assistants AND game ».

Par ailleurs, il est plus difficile qu’auparavant de savoir comment Pubmed a interprété vos recherches. Le « Search details » s’affichait auparavant sur la page de recherche, il est maintenant uniquement accessible dans les options de recherche avancée.

Le moteur de recherche et le fonctionnement du mapping sont encore destinés à évoluer à l’avenir : si vous détectez des erreurs ou des interprétations abusives, vous pouvez contacter la NLM via le « Help Desk ».

L’évolution de la recherche sur Pubmed a d’autres conséquences plus problématiques. Du fait de l’évolution du mapping et de la prise en charge de la troncature, une même équation de recherche utilisée sur l’ancien et le nouveau Pubmed ne renvoie plus au même nombre de résultats ni aux mêmes références. Que la différence soit marginale ou importante (et elle peut l’être : une recherche sur « haemorrhage » renvoie respectivement de 400 000 à près de 5 millions de résultats selon la version de Pubmed utilisée), elle pose un problème essentiel pour la reproduction des requêtes conçues sous l’ancienne interface.

Autre difficulté, la prise en compte des dates de publication par Pubmed[2]. A l’aide du filtre de date disponible dans la colonne de filtre ou du code de champ [DP], Pubmed permet théoriquement de retrouver l’ensemble des références parues entre deux périodes données. Le champ [DP] de chaque référence est toutefois renseigné différemment selon les publications : seule l’indication de l’année est obligatoire. Tous les résultats dotés d’une date de publication « 2020 » peuvent ainsi être captés par une recherche portant sur janvier 2020, y compris si leur publication effective est postérieure. Cela ne permet pas de disposer de résultats fiables en recherchant des publications parues sur une période précise, autrement qu’en interrogeant le champ Date de publication par années entières.

La nouvelle version de Pubmed s’avère plus efficiente et plus ergonomique si votre objectif est de faire des recherches rapides, à la volée, pour trouver une ou plusieurs références sur un sujet précis. Dans le même temps, les évolutions de la base de données mettent en péril la reproductibilité des recherches, garantie de la qualité des revues systématiques et méta-analyses : à ce jour, la même recherche réalisée sur l’ancienne et la nouvelle version de Pubmed ne donnera pas les mêmes résultats, et il est parfois difficile de savoir comment Pubmed interprète une requête complexe. Dans un cas comme dans l’autre, ces transformations nous invitent à repenser nos usages de la base de données. D’autres modifications sont encore à prévoir, en particulier l’intégration de la base Mesh et des options de compte MyNCBI dans le nouveau Pubmed.

[1] A noter que la précédente version de Pubmed, « Pubmed legacy », est accessible jusqu’au 31 octobre à cette adresse.

[2] Voir à ce sujet García-Puente, María ; Pastor-Ramon, Elena ; Agirre, Oskia ; Morán, José-María ; Herrera-Peco, Iván (2020). « Research note. Open letter to the users of the new PubMed: a critical appraisal ». Profesional de la información, v. 29, n. 3, e290336. https://doi.org/10.3145/epi.2020.may.36

 

BIU Santé Médecine – informations de rentrée

Après plusieurs mois de fermeture, les bibliothèques d’Université de Paris sont à nouveau ouvertes depuis mi septembre. Consultez les mesures sanitaires d’Université de Paris et les mesures spécifiques aux bibliothèques.

Voici deux informations pratiques concernant la BIU Santé Médecine (site Odéon) :

  • Pour des raisons sanitaires et de sécurité, la  BIU Santé Médecine accueille désormais 100 lecteurs maximum en simultané.
    Afin de garantir cette jauge, nous vous demandons de passer votre carte d’étudiant ou votre carte de bibliothèque sur le boîtier prévu à cet effet en entrant et en sortant. Cette démarche permet également un décompte en temps réel du nombre de places disponibles, décompte consultable en ligne.
    Vous pouvez ainsi consulter le taux d’occupation en temps réel et les prévisions sur le site Affluences ou en téléchargeant l’application Affluences sur votre téléphone (App Store ou Google Play).

    Toute sortie de la bibliothèque est donc définitive
    . Des sanitaires sont à votre disposition au sein de la bibliothèque. Nous vous remercions de prendre toutes vos affaires lorsque vous quittez la bibliothèque.

 

  •  Le service de photocopie et d’impression est temporairement indisponible. Nous travaillons pour rétablir ce service au plus tôt.
    Avec nos excuses pour la gêne occasionnée.

Activez votre compte Université de Paris

A partir du 15 septembre, si vous êtes étudiant, personnel ou enseignant-chercheur d’Université de Paris, vous devez activer votre compte Université de Paris pour :

 

  • accéder ou continuer à accéder à la documentation électronique à distance;
  • accéder ou continuer à accéder à votre compte lecteur.

Votre compte lecteur permet de consulter la liste des documents que vous avez empruntés ainsi que leurs dates limites de retour, prolonger vos emprunts en cours (sous réserve qu’ils ne soient pas réservés par un autre lecteur), réserver des ouvrages déjà empruntés par d’autres lecteurs.

Activez votre compte Université de Paris

Comment se connecter au compte lecteur?
Après avoir activé votre compte Université de Paris, rendez-vous sur la page d’accueil du site de la BIU Santé et cliquez sur « Plus d’options » puis « S’identifier ».

 

 

 

 

 

 

 

 

Si vous êtes lecteur extérieur à la communauté Université de Paris, vous pouvez continuer à accéder à votre compte lecteur avec vos identifiants et mots de passe habituels.

Des questions? Contactez-nous!

Réouverture le 14 septembre

biu sante médecineLa BIU Santé – Médecine et la BIU Santé – Pharmacie ainsi que les BU  Bichat, Cochin, Cordeliers, Necker,  Villemin, Montrouge, Garancière,  Sciences, Jeanne-Chauvin, Henri-Piéron, Grands Moulins, SHS et STAPS ouvrent  à nouveau au public à partir du lundi 14 septembre.

 

Les conditions sanitaires impactent le fonctionnement de ces bibliothèques.

Nous vous invitons à consulter les mesures sanitaires pour une rentrée en toute sécurité d’Université de Paris. Des mesures spécifiques s’appliquent dans les bibliothèques. Nous attirons votre attention sur  plusieurs mesures.

 

  • Port du masque obligatoire comme dans tous les locaux d’Université de Paris (dans tous les espaces et à tout moment, y compris à votre table et dans les salles de travail individuel).
  • Distanciation physique à respecter : un mètre minimum et un siège d’écart.
    Le nombre de places en bibliothèque est limité. L’accès aux salles de travail en groupe est suspendu dans certaines bibliothèques. Ne pas déplacer les chaises. Respecter la capacité maximum des salles.
    Dans certaines bibliothèques, le temps de pause est limité : vos affaires pourront être mises de côté en cas de non respect des consignes.
  • Lavage des mains obligatoire en entrant à la bibliothèque et avant de toucher aux documents, aux ordinateurs, aux imprimantes, aux automates.  Du gel hydro-alcoolique est à disposition.
  • Si vous souhaitez nettoyer votre table ou les claviers et souris d’ordinateur de la BU, du virucide sera à disposition auprès des personnels.

Les horaires d’ouverture des bibliothèques sont adaptés en cette rentrée, mais susceptibles d’être étendus dans les semaines à venir :
– BIU Santé – Médecine : de 9h à 18h du lundi au vendredi
– BIU Santé – Pharmacie : de 9h à 18h du lundi au vendredi
– Horaires des autres bibliothèques d’Université de Paris

A l’exception de la BIU Santé Médecine, les bibliothèques ne procéderont pas à de nouvelles inscriptions ou de prolongations d’inscription de lecteurs extérieurs à la communauté d’Université de Paris.

Nous vous souhaitons une excellente rentrée.

BU à emporter

BU à emporterVous souhaitez emprunter des documents avant la réouverture de la BIU Santé Pharmacie ?
Sur le modèle des services Click&Collect, le service BU à emporter vous permet de réserver des documents en ligne. Nous préparons les documents pour vous, nous vous informons quand ils sont prêts et vous venez les retirer.

Ce service est proposé à l’échelle des bibliothèques d’Université de Paris.Retrouvez toutes les informations pratiques et les étapes pour réserver.

Nous vous souhaitons une bonne rentrée.

 

Documentation électronique : interruption temporaire de service

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[Edit du mercredi 19 août : les accès sont désormais rétablis. Merci de votre patience]

En raison d’un problème technique, les accès à la documentation électronique (ebooks, bases de données, revues en ligne) sont temporairement interrompus.

 

 

 

La bibliothèque numérique Medica ainsi que la banque d’images et de portraits ne sont pas impactés par cette interruption de service.

Nos équipes mettent tout en oeuvre pour rétablir les accès au plus vite.
Avec nos excuses pour la gêne occasionnée.

 

133 ebooks Karger en médecine achetés par Collex-Persée

Le GIS CollEx-Persée vient d’acquérir 133 titres d’ebooks en médecine de l’éditeur Karger, sous le modèle d’une licence nationale, couvrant de nombreuses disciplines médicales.

Consulter la liste complète des 133 ebooks Karger

Ces 133 ebooks Karger parus de 2015 à 2019 sont accessibles de façon pérenne à l’ensemble des établissements de l’enseignement supérieur et de la recherche français, ainsi qu’à la Bibliothèque nationale de France.

Ce projet a été porté par la BIU Santé – Direction des bibliothèques d’Université de Paris, le consortium Couperin, l’ABES et l’Inist-CNRS.

Pour accéder à distance à ces ressources depuis ce billet, il est nécessaire de disposer de codes ENT Paris ex Descartes. Ces ebooks seront par ailleurs accessibles à tous depuis les postes publics de la BIU Santé à sa réouverture.